Det finns flera olika fläckar som kan användas för att visualisera och fotografera DNA efter att materialet har separerats genom gelelektrofores. Bland de många valen är dessa fem stammar den vanligaste början med etidiumbromid, vilket är det mest använda. När man arbetar med denna process är det viktigt att man inte bara vet skillnaderna mellan stammarna utan de inneboende hälsoriskerna.
01 etidiumbromid
Etidiumbromid är sannolikt det mest kända färgämnet som används för att visualisera DNA. Detta färgämne kan användas i gelblandningen, i elektroforesbufferten eller att fläcka gelén efter det att den har körts. Färgens molekyler klibbar DNA-strängar och fluorescerar under UV-ljus, vilket visar dig exakt var banden ligger i gelén. Trots sin fördel är nackdelen att etidiumbromid är ett potentiellt cancerframkallande, så det måste hanteras med stor omsorg. På grund av de potentiella hälsoriskerna med att arbeta med denna gel har alternativen hittats. 02 SYBR Gold
SYBR Guldfärg kan användas för att fläcka dubbel eller enkelsträngad DNA eller att fläcka RNA. SYBR Gold var ett av de första alternativen till etidiumbromid för att slå på marknaden och anses vara känsligare än etidiumbromid. Färgen uppvisar 1000 gånger större UV-fluorescens när den är bunden till nukleinsyror. Det penetrerar sedan tjocka och höga procentiga agarosgeler och kan användas i formaldehydgeler. Eftersom fluorescensen hos den obundna molekylen är så låg krävs inte destaining. Licenshållare Molekylprober har också (sedan lanseringen av SYBR Gold) utvecklat och marknadsfört SYBR Safe och SYBR Green som är säkrare alternativ till etidiumbromid.
03 SYBR Green
SYBR Green I och II fläckarna (återigen marknadsförs av Molecular Probes) är optimerade för olika ändamål. Eftersom de binder till DNA, betraktas de fortfarande potentiella mutagener och därför bör de hanteras med försiktighet. SYBR Green I är känsligare för användning med dubbelsträngat DNA, medan SYBR Green II, å andra sidan, är bäst för användning med enkelsträngat DNA eller RNA. Liksom den populära etidiumbromidfärgen fluorescerar dessa mycket känsliga fläckar under UV-ljus. 04 SYBR Säker
SYBR Safe var utformat för att vara ett säkrare alternativ till etidiumbromid och andra SYBR-fläckar. Det betraktas inte som farligt avfall och kan i allmänhet kasseras genom de vanliga avloppssystemen (dvs. i avloppet) eftersom toxicitetsprovning indikerar att det inte finns någon akut toxicitet. Testning indikerar också att det finns liten eller ingen genotoxicitet på syriska hamsterembryo (SHE) -celler, humana lymfocyter, muslymfomceller och i AMES-testet. Fläcken kan användas med en blåljus-transilluminator som medför mindre skada på DNA som visualiseras och ger bättre effektivitet för senare kloning. 05 Eva Green
Eva Green är ett grönt fluorescerande färgämne som har visat sig hämma PCR i mindre utsträckning än andra färgämnen. Detta gör det väldigt användbart för applikationer som kvantitativ realtid PCR. Det är också ett bra val om du använder geler med låg smältpunkt för återvinning av DNA. Den är mycket stabil vid höga temperaturer och har mycket låg fluorescens i sig, men är mycket fluorescerande när den är bunden till DNA. Eva Green har också visat sig ha mycket låg eller ingen cytotoxicitet eller mutagenicitet.